科學無法證明的東西，很難被人相信。在強調理性的風潮裡，帶有神祕色彩的東西，很難成為主流的社會活動。即使如達賴喇嘛這樣在全世界有影響力的宗教家也不得不重視這個潮流，他定期邀請世界知名的科學家進行宗教、科學對談，也要求信徒將佛經裡有關自然科學的部分整理出來，供科學界人士檢討。
所以在今天，當有人討論「靈魂」這個話題時，似乎讓人覺得有點老掉牙。但是天理教裡所謂的得救，是心靈的得救，更進一步來說，是讓自己的靈魂得救。如果教會的活動強調拜拜、聖勞、掃灰塵，卻不討論靈魂的話，就很難對這些活動的意義做出圓滿的說明。
「教典」裡所說的「元始因緣」，指的是原地為神最初創造人類及世界的地點，而教祖則具有人類母親靈魂因緣之人。教祖在神的安排下成為中山家的媳婦，進而在41歲時成為月日神龕，透過教祖，神將其他具有創世時靈魂因緣的人帶回宅院來，教導康樂生活，奉行康樂聖舞，藉此完成當初創造人類時的心願，也就是看人類過康樂生活。
換句話說，既然人的靈魂是在元始之初創造出來，而且神的目標是實現康樂生活，世界上的每個人也因此都具有康樂生活的靈魂因緣。這一點對信仰天理教的人來說是個常識，但也往往在日常生活中容易被忽略。
靈魂永世不滅。從創造人類之初，一直到今天。我們的靈魂雖然過去經過無數次的死亡、重生，但那不過就像是穿在靈魂上的外衣，穿了又脫，脫了又穿。靈魂本身並不會因為死亡而中斷，不只是當人在世的時候，從死亡到重生的期間，依然存在。
因此，死亡不足畏懼，它是邁向新生的必經過程。
1888年4月16日的御指圖裡有一段「山澤サヨ的請求」。這是山澤家的夫人サヨ因產後六十天身體仍未恢復，因而請示神意。
「待ち兼ねて連れて戻りた。親が子なり、子が親となり、名を呼び出せ。一時名を呼び出さねば分かろうまい。さあさあ生まれ変わりたで。名ははる。…」
(等待很久，帶回來了。父母成為子女，子女成為父母，叫出名字來。一下子不叫出名字你們就不知道。Sa！Sa！轉生。名叫阿春。…)
原來，這位婦人即是教祖的女兒阿春的外孫女，原本姓梶本，出嫁後改姓山澤，輩份上來說是教祖的玄孫。神告訴她，這次生下的小孩是阿春轉生回到世上來。也就是說，外婆的靈魂轉生，成為了自己的女兒。
類似這樣的故事還有很多。教祖在世時，有一段時間常常告訴身邊的人，哪個小孩是哪個先人的靈魂轉生而來。
但是世界上許多人不相信靈魂不滅，也不相信靈魂會再度回到世界上重新為人。有些宗教相信死後的靈魂會到另一個世界，直到某個重大的時旬到來會再回到世間，這與天理教的轉生不太一樣。另外佛教相信輪迴，但是不一定會重新變成人，是依修行成為某一「道」，而且佛教的理想是大家都修成佛，不要再回來。天理教卻明白地告訴我們，轉生只是靈魂脫下一件舊衣裳，待時機到來，借得新衣，還是會回到世界上，繼續成為人，而且在神樂歌的歌詞裡告訴我們，只要每個人的心都澄清，這個世界就會成為「極樂世界」。
許多人用自己的腦筋以及五覺渡過人生，對於看不見卻始終存在的靈魂無所知覺。為什麼會活在世界上，也找不到確定的答案。但天理教明白告訴我們，每個人都是擁有靈魂的個體，而且每個靈魂皆平等，會呈現出不同的人生際遇，是因為過去累積下來的因緣不同，以及每個人的心皆不同的緣故。
為了讓我們了悟自己的因緣，神在我們的四周安排了各種不同的事情來提醒我們。雖然我們無法直接知道上一輩子的事情，但是在遭遇到的各種際遇裡，隱約，從自己的過去以及家族的歷史裡，可以找出一些規則。這些規則，不論是在什麼年紀，週遭的情境有多麼的不同，很驚人的，它並不會因為時空背景改變，反而隨著人生經驗累積，越來越明確，越來越清晰。這就是每個人的因緣。
參拜、聖勞、為人行使神授。這些事情可以消除煩惱與疾病，使我們的心靈得救，增加生活中的喜悅。更重要的是，過去在懵懂無知的情況下經歷過無數次轉生的我們，透過這些活動，可以洗去靈魂上的陰影，一點一點接近神創造人類時的旨意─實現康樂生活。具體來說，是要讓每個人都活到115歲，並且依個人的心念，不生病，不死去，不衰老。
科學本身沒有好或壞，它提供人類了解自然世界的方法。但是人類自願將思維限制在科學的框框裡，放棄探索靈魂的機會，也將自己限制在狹隘的視野裡。今天人類面臨的溫暖化問題、垃圾問題、核廢料問題，可以說都是人類將科學當成唯一的信仰所造成的災難。這是人類的不幸。